شورای سیاست‌گذاری:

 

 شورای سیاست‌گذاری جشنواره‌ی آیات متشکل از صاحب‌نظران و فعالان فرهنگی، هنری و رسانه‌ای در عرصه‌ی فعالیت‌های دینی و قرآنی، وظیفه‌ی تعیین خط‌مشی و سیاست‌های کلی جشنواره و نظارت کلان و مستمر بر روند اجرای سیاست‌های مصوب در هر دوره را بر عهده دارد.  رئیس این شورا، معاون قرآن و عترت وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی و دبیر آن، مدیر کل دفتر تبلیغ و ترویج فعالیت های قرآنی است.

 
 
کارگروه های تخصصی:
 
کارگروه های تخصصی ۱- فرهنگ ۲- هنر ۳- رسانه
 
متشکل از کارشناسان و فعالان قرآنی، به عنوان بازوان فکری شورای سیاست‌گذاری و دبیرخانه‌ی دائمی جشنواره آیات، وظیفه‌ی بررسی کارشناسانه، وضعیت‌سنجی جشنواره‌ها، نظارت علمی و آماده‌سازی و پشتیبانی محتوایی از آن ها را بر عهده دارد.
 
 
دبیرخانه دائمی:
 
    دبیرخانه دائمی جشنواره آیات در دفتر تبلیغ و ترویج فعالیت‌های قرآنی معاونت قرآن و عترت وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی مستقر است که وظیفه‌ی پیگیری و اجرای کامل سیاست‌ها و راهبردهای جشنواره و سایر مصوبات شورای سیاست‌گذاری و کارگروه‌های تخصصی را بر عهده دارد.
 
 
ستاد اجرایی:
 
   جشنواره آیات هرساله در رشته‌های مختلف فرهنگی، هنری و رسانه‌ای در استان‌های مختلف کشور و با همکاری نهادها و مراکز تخصصی دولتی و مردمی برگزار می‌شود که برای هر رشته، ستاد اجرایی مستقل توسط مجری راه‌اندازی می‌شود و وظیفه‌ی برگزاری شایسته‌ی آن را در چارچوب شیوه‌نامه‌های ابلاغی از سوی دبیرخانه دائمی بر عهده دارد.